rhAmp SNP Genotyping System

gene_expression

rhAmp® SNP Genotyping System                                                  

 

rhAmp SNP Genotyping System은 IDT에서 개발된 rhPCR 기술로, target SNP를 정밀하게 분석하기 위해 RNA-DNA hybrid primer 와 독특한 2-enzyme system을 이용합니다. IDT Universal reporter 제품과 함께 rhAmp SNP Genotyping은 간단하고 고성능의 솔루션을 합리적인 가격에 제공합니다.
 


· High performance : 테스트된 assays 중 90% 이상이 99.5% 의 높은 정확도를 보입니다.
· 40bp 정도의 작은 amplicon 사이즈로 어려운 부분의 SNP 탐색이 가능합니다.
· 작은 assya size 를 이용해 저렴한 marker validation 이 가능합니다.
· gBlocks을 control template로 사용하여 data 의 신뢰도가 높습니다.
· 소요기간 : 7-10일 (영업일 기준)
 
* 기존 방식 대비 특장점
Blocked primers는 non-specific의 증폭을 최소화 합니다. rhAmp primer의 3'에 포함된 blocking group은 RNase H2 효소 절단에 의한 de-blocking이 발생하지 않은 한 non-specific의 확장을 막아줍니다.

- RNase H2에 의한, 정확한 primer 활성 : 완전한 상보가닥과 결합될 때 RNase H2 효소가 rhAmp primer 3' 말단 근처의 RNA base 를 인식하면 primer의 절단 및 활성화가 시작됩니다. 

- Taq DNA Polymerase의 높은 식별력 : rhAmp Genotyping은 대립 유전자 불일치에 대한 민감도가 증가된 새로운 Taq polymerase를 사용합니다.
 
Figure 1. Schematic representation of rhAmp SNP Genotyping PCR. 

All components needed to measure both alleles are combined in a single reaction before cycling. (A) Both allele-specific primers query the SNP locus. (B) RNase H2 enzyme cleaves the primers that are perfectly annealed to the target sequence, removing the RNA base and 3'blocking modification. which allows extension by the Taq polymerase. (A-C) During the first two amplification cyclers, a tail sequence is incorporated into the amplicon that continues to be included in amplicon generation for the remainder of programmed cycles. (D) Tail sequences are subsequently recongnized by a probe-based, universal reported system (Universal probe 2 not shown). (E) Polymerase entension leads to degradation fo the probes and signal generation.













 

Complete workflow


rhAmp SNP 포트폴리오에는 고품질의 genotyping 데이터를 성공적으로 만들기 위해 필요한 구성요소들이 모두 포함되어 있습니다. 이 데이터들은 일반적인 real-time PCR 장비에서 사용하기 모두 적합합니다. 
 

· Predesinged assay collection for human genotyping
· Custom assay design tool for novel human SNPs ro other species
·  Master mix and unversal reported system with optional reference dye
 

Comperhensive collection of predesigned assays


rhAmp predesigned assay library 에는 >1% 의 minor allele를 포함한 약 1000만 개의 human SNP 가 있습니다.
rhAmp SNP Assay는 test 된 것 중 90% 이상에서 >99.5%의 정확도로 일관된 고성능을 증명합니다.
Assay library는 아래 내역들을 포함합니다.
 

· Approximately 10 million pre-designed assays coding SNPs
· 330,000 common SNPs found in RefSeq
· Functionally validated assays targeting SNPs in genes inolved in absorption, distribution, metabolism, and excretion (ADME) of phamaceuticals.
 

Fast, efficient, single-tube chemistry


아래 그림과 같이 rhAmp SNP Genotyping System은 single tube assay 와 일반적인 PCR 조건에서 이뤄집니다.
이 방법으로 90분만 투자하면 정확한 genotyping을 할 수 있습니다. 
Real-Time qPCR 장비나 형광 감지를 하는 일반적인 thermal cycler로도 실험이 가능합니다. 
Reagent의 선택은 qPCR 장비에 따라 필요한 여러 형광을 수용할 수 있도록 적절하게 제공됩니다.
 
Figure 2. simple, single-tube reaction chemistry supports streamlined lab processes. 
All reagents are combined in the initial reaction setup, which is then stable for up to 24 hr at room temperature before cycling rhAmp SNP Genotyping is compatible with common qPCR platforms.


 

rhAmp® SNP Assays & rhAmp® ADME SNP Assays


rhAmp SNP Assay는 universal-reporter 기반이며, 자사의 맞춤형 design tool로 제작된 RNase H2 절단가능 primer를 사용하여 정확도와 특이도를 높여줍니다. rhAmp ADME SNP Assay는 흡수, 분배, 대사 및 배출 등의 약제학적 화합물에 관련된 유전자를 타켓으로 하며 실험적으로 검증된 제품입니다.
 
* Number of reaction is based on 10uL reaction volume.