Functional Genomics

IDT® miRNA Inhibitors

IDT® miRNA Inhibitors 디자인의 특징

•miRBase data 기반으로 모든 miRNA에 대해 간단한 디자인을 제공
•In vitro에서 매우 낮은 농도로 효과적인 miRNA 억제 가능
•Knock down target에 대한 높은 특이성
•Nontoxic to mammalian cells
•쉬운 주문 방법

ZEN™ modifications 을 가지고 있는 2'-O-methyl residues 로 구성

•ZEN modification : exonuclease degradation을 막아주고 binding affinity를 향상시킴
•2'-O-methyl : endonuclease degradation에 대한 저항성을 높이고, binding affinity를 향상시킴
•디자인 예시 : 5'- mU/ZEN/mC mAmAmC mAmUmC mAmGmU mCmUmG mAmUmA mAmGmC mU/3ZEN/ -3'

Antisense Oligonucleotides

6개이상의 native DNA 또는 phosphorothioate-modified DNA segment 를 포함하는 antisense oligonucleotides는 15-25 bp정도 길이의 target mRNA의 antisense 방향으로 합성되어 세포나 조직으로 도입되게 됩니다. 이러한 antisense oligo는 target mRNA와 hybridization하게 되며, DNA:RNA duplex에만 작용하는 RNase H에 의해 절단되어 protein translation을 방해하고 결국 gene expression을 block하게 됩니다. mRNA levels의 감소는 real-time PCR을 이용하여 측정 할 수 있습니다.
Phosphorothioates : 가장 간단하고 많이 사용되는 nuclease-resistant chemistry로 Phosphorothioates에 있는 sulfur atom이 oligo의phosphate back bone에 non-bridging oxygen을 대신하게 됩니다. PS oligos 는 unmodified oligos보다 훨씬 큰 non-specific protein binding 경향을 나타내므로 높은 농도로 존재할 경우 독성을 유발할 수도 있습니다.
2'-O-Methyl RNA Chimeric : ASO디자인에 이용하면 target mRNA와 ASO 의 안정성과 affinity (Tm)을 증가시켜 줍니다. 2'-O-Methyl RNA bases는 RNase H 에 cleavage되지 않고, DNA의 RNase H activating domain를 그대로 가지고 있어 chimeric antisense 디자인에 많이 이용되고 있습니다.

IDT는 모든 antisense oligos에 대한 HPLC 정제를 추천하며 세포나 살아있는 동물에 사용하기 전에 정제 과정에서 사용된 salt를 확실히 제거하기 위해서 Na+ salt exchange를 할 것을 추천합니다.



 
Antisense oligo–mediated cleavage of the target by RNase H.






* = Phosphorothioate Bonds

mN = 2′-O-Me RNA base